Johan var verksam som forskningsassistent vid IFN 2007-2008 innan han övergick till doktorandstudier. 2015 disputerade Johan på Stockholms universitet med avhandlingen Taxes, Nudges, and Conformity: Essays in Labor and Behavioral Economics. Under doktorandperioden och fram till 2021 var Johan affilierad till IFN.
Johan Egebarks forskning var empiriskt inriktad kring frågor inom främst arbetsmarknads- och beteendeekonomi.